“心主神明”是中国传统医学的核心论点和理论特色所在。明代李时珍虽然提出了“脑为元神之府”一说，但是并未作明确的解说，而在《本草纲目》的药理分析中，李时珍依然遵从的是传统医学的心主神明之说。而此后的传统医学领域，关于“脑主神明”和“心主神明”的讨论成为一个颇多争议的理论问题。实际上李时珍“脑为元神之府”的说法出自道教。在道教炼养学中，“脑主神明”与“心主神明”二说并存，而且以老子的思想和谐地相统一。
　　在道教相关的炼养内容中，涉及此问题者甚多，但早期以《黄庭内景经》（一下简称《黄庭经》）的论述最为全面、深刻、并具有系统性。《黄庭经》产生于东晋之前，是一部以存思身神为主要手段的道教养生学经典，其身神之说“因象立名”， 一方面具有明显的宗教神学色彩，一方面具有浓厚的医学生理学内涵。而其中关于心脑与神明关系的认识正是通过人格化的身神之说体现出来的。
　　通过对比分析来看，在《黄庭经》中，脑神与心神呈现出两种不同的特征：
　　其一， 脑神静而无为，心神动而有为。关于心神，一方面，“心神一体五藏王”，心为五脏六腑之主而称为“王”，显示了其尊贵的一面；另一方面心神又担负着协调人体荣卫、气血、阴阳，主宰五脏六腑的生理机能正常运行，即所谓“主适寒热荣卫和”，“调血理命身不枯，外应口舌吐五华”， “通利华精调阴阳”，梁丘子注云：“心神用舍与目相应，‘华精’，目精也，心开则目开，昼阳而暮阴，故云‘调阴阳’也”。
　　这些职责无疑是繁剧的、动态而永不停息的。可见，《黄庭经》对心的认识与传统医学的论述是一致的。
　　关于脑神，道教素称泥丸，《黄庭经》云：“泥丸百节皆有神”；“一面之神尊泥丸，泥丸九真皆有房，方圆一寸处此中，同服紫衣飞罗裳”； 梁丘子注曰：“脑神丹田，百神之主”；“丹田之宫，黄庭之舍，洞房之主，阴阳之根”。在这些描述中，泥丸神只是突出了其尊贵静处的特征，没有显现出活动性的功能。
　　也就是说，脑神与心神相比较，具有一静一动的特点。脑神尊贵而为百神之主，但安静而没有具体职责；心神为五脏六腑之王而主宰调理人体生理的运行，职能复杂而运动不已。
　　进一步来看，这种一动一静的特征，在老子思想的主导下还具有更深一层的内涵。从《黄庭经》的主导思想看，老子的恬淡虚无、清静无为是其炼养术的最高宗旨。
　　经文中多处强调“恬淡闭视内自明”； “高拱无为魂魄安，清静神见与我言”； “内守坚固真之真，虚中恬淡自致神”； “隐景藏形与世殊，……带执性命守虚无” 等。在脑九宫神中，《黄庭经》和其他上清派关于修持九宫神的方法一样，贯穿着老子“知其雄，守其雌”、“知其白，守其黑”的思想，如“知雄守雌可无老，知白见黑见坐守”， “守雌存雄顶三光” 之类均是。所以其中脑神和心神一动一静的特征实际上还具有脑神无为、心神有为的含意。
　　其二，脑神比心神更具有根本性地位。脑神为百神之主、阴阳之根，自然是人体生命的主宰和核心所在；心神为五脏六腑之主宰，调节人体阴阳、主持人体生命活动的健康运行，同样是生命的主宰与核心。那么脑神与心神二者在人体生命中究竟以何者更为根本呢？ 这一点也需要用老子的思想来解释。
　　在《黄庭经》中，以心神为核心的五脏神与眼、耳、鼻、舌诸神的关系是这样的：心神“外应口舌吐五华”， 又云“用舍与目相应”；肺神“外应中岳鼻齐位”； 肝神“外应眼目日月精”； 肾神“外应两耳百液津”； 脾神“外应尺宅气色芳”。
　　可见，虽然心为五脏六腑之主宰，五脏主持调节着各相应关窍的生理机能，但在《黄庭经》中它们之间的关系被描述为一种“外应”和“相应”的对等关系，而不是主宰与服从的隶属关系。与脑神之受眼、耳、鼻、舌等诸神的受尊崇相比较，这种对等关系也间接地表达了脑神和心神之间的相互关系。那就是，眼、耳、鼻、舌各关窍通过五脏的调节保证了各自功能的正常运行，而将其所取得的高级生理功能——感知功能归于脑神主宰。这也就是说，以心脏为核心的五脏维持调节各感官的生理活动，从而也主宰着五官感知功能的正常发挥；而五官的感知功能最后还得归宗于脑神，为脑神泥丸服务，也就是说，而脑神泥丸主宰各感官的精神性的感知行为。
　　老子崇尚无为，《道德经》不断强调：“道常无为，而无不为”； “上德无为，而无以为；下德为之，而有以为”； “万物归焉而不为主，可名为大。是以圣人终不为大，故能成其大。”
　　而《黄庭经》中脑神静处无为而尊贵，心神多动有为而为五脏六腑之主宰。于是脑神颇合于《老子》的“无为”、“上德”和“圣人”的境界；而心神则颇合于《老子》“有为”、“下德”的状态。于是，脑神相对于心神，“故能成其大”，地位高于心神。
　　另外，《黄庭经》对脑神的存思修炼内容命名为“至道章”，也说明了脑神在人体中的根本地位，在《道德经》中，“道隐无名”、“先天地生”，是至高无上的。
　　《庄子?在宥》中为黄帝讲说的“窈窈冥冥”、“昏昏默默”的至道直承《道德经》而来，是阴阳之所“藏”（“天地有官，阴阳有藏”）。